В этиологии и патогенезе парадентальных кист много неясного. Одни (Ц.Я. Хигер и др.) считают, что это фолликулярные кисты. Другие утверждают (А.Н. Вайсблат, Wassmund, Thome), что при затруднённом прорезывании в результате хронического воспалительного процесса под капюшоном происходит разростание клеток эмбрионального эпителия и образование кистозной полости, давление которой на передний край ветви нижней челюсти приводит к атрофии костной ткани. Создаётся дефект кости, который на рентгенограмме определяется как полулунное просветление за зубом мудрости или распространяющееся на угол нижней челюсти и ветвь.