С начала 90-х годов в лабораторную клиническую практику стали, внедрятся технологии определения видоспецифических нуклеотидных последовательностей областей ДНК (мишеней) бактерий и клеток высших организмов. Сначала это была ДНК-гибридизационная технология. В тест-системе Affirm VP используются синтетические зонды для выявления как Gardnerella vaginalis, так и T.vaginalis из одного вагинального соскоба. Данная методика лучше, чем метод влажной камеры. Тем не менее, встречались ложноотрицательные результаты при её сравнении с культуральным методом (80% чувствительности относительно положительных образцов в культуре). Одна из гибридизационных методик - “дот-блот” гибридизация, в которой использовался фрагмент 2,3 ДНК T.vaginalis в качестве зонда, могла определить ДНК T.vaginalis в вагинальном секрете. Однако нестабильность зонда, выполнение специфических технических приёмов, особенно использование радиоактивной метки, являлись большими недостатками этой методики. После того как радиоактивно меченный зонд заменили на флюоресцентно-меченный ДНК-зонд, эта методика сразу нашла своё применение при выявлении бессимптомного носительства T. vaginalis. Новая генодиагностическая технология - ПЦР, в последнее время опережает остальные методы генодиагностики трихомоноза и наравне с культуральным методом широко используется в клинической практике. Риу в 1999 г. предложили ПЦР методику идентификации ДНК влагалищной трихомонады с праймерами для амплификации повторяющегося фрагмента TV-E650. Сравнив свой метод с другими используемыми методиками диагностики: микроскопией нативного мазка, культуральным, а также с клиническими данными. Он считает, что предложенный метод ПЦР на 100% чувствителен и специфичен, т.к. не давал перекрёстной реакции с другими простейшими и Candida albicans. Использованная им методика ПЦР в два раза чаще выявляла трихомонаду, чем другие лабораторные методики. Японские учённые так же сумели подтвердить правомерность постановки диагноза “трихомониаз” в 19-ти случаях у женщин и в одном случае у мужчины методом ПЦР[43,44,45,46,48].